1959年,参与主持上海建筑三史工作,所谓“三史”是古代史、近代史和中华人民共和国建立年史,皆为建筑史,在上海市建委领导下,对于搜集、保存上海近代建筑史料做出了积极的贡献。
60年代初,参与指导上海豫园、嘉定孔庙、松江余山秀道者塔的修复、设计工作。同时,由苏州到扬州,开展扬州园林的考察研究工作。在淅江古建筑考察中发现了安澜园遗址,在扬州园林考察中发现了石涛和尚叠石遗作——片石房。协助、参与梁思成设计扬州大明寺鉴真和尚纪念堂,陆续在《文物参考资料》、《文物》、《同济大学学报》上发表有关古建筑、古园林考察文章。
1963年,获硕士导师资格,
1966年,在文化大革命中陈从周受到了迫害,
1971年,下放皖南干校,1972年,开始参与连云港海靖寺塔修理工程,
1974年,指导阿尔巴尼亚进修教师。考察了济南、曲阜、泰安、聊城地区的古建筑,为保存聊城明初光岳楼大木结构做出重要贡献。
1975年,在极艰难困苦的条件下著述《梓室余墨》40余万字,详细记述了一生中的交往、研究、各地山川风光、民俗、民情、遗闻轶事。
1976年“四人帮”被粉碎,陈从周绝处逢生。多年积压在心头的话,一下子爆发出来,这就是《说园》的第一篇,对古建筑、古园林的正确评价和多年破坏的无情抨击,引起社会强烈反响,《说园》五篇情真意切,融文史哲艺与园林建筑于一炉,受到国内外学者的好评,纷纷出版不同版本、译本,前后有英文译本、日文译本,以及德文、法文、意文本。
1978年,将苏州园林局部模制,输出至美国纽约大都会博物馆,即明轩,成为新中国以来园林文化建筑对外输出之先河。贝聿铭雅嘱他写就长卷水墨丹青《名园青霄图卷》,复请国内文化耆宿、书法名家题咏,现存纽约贝氏园,成为一件极为珍贵的书画名品。
1980年秋,首次指导日本来华研究学者关口欣也博士。为适应全国各地的旅游热,修复名胜古迹热,提出“还我自然”、“文化旅游”、“先绿后园”、“绿文化”等响亮口号,针对社会上的“一切向钱看”倾向,提出“梓翁画图不要钱”,“一文不取,敞开供应”,学校教师应是“万卷户”等。到处演讲报告,所到之处极受领导、群众的欢迎和接待。有心人对陈从周的散文、杂谈、诗词歌赋先后编辑出版了《园林谈丛》、《书带集》、《春苔集》、《帘青集》、《随宜集》、《山湖处处》。1985年,受聘为美国贝聿铭建筑设计事务所顾问。
1986年,编辑出版《绍兴石桥》,同年秋,应邀赴日参加日本建筑学会成立百年庆典。
1987年,主持上海豫园东部的复原设计,成为上海招待国宾最佳处所之一。并于同年,获日本园林学会名誉会员称号。主编《上海近代建筑史稿》出版。1988年,宁波天一阁东园竣工。
1990年,香港、台湾联合出版《中国名园》,全书用诗词一般的语言描述各地园林之精华。
1991年冬,云南安宁楠园竣工。陈从周自评说“纽约的明轩,是有所新意的模仿;豫园东部是有所寓新的续笔,而安宁的楠园,则是平地起家,独自设计的,是我的园林理论的具体体现。”